ご報告ありがとうございます。
原因について
設定(列表示・列幅・スイッチ状態・新規登録デフォルト値など)はアプリフォルダ内ではなく、以下のWindowsユーザーフォルダに保存されています。
C:\Users\[ユーザー名]\AppData\Local\CS2_me\[ハッシュ値]\[バージョン]\user.config
バージョンアップ時にこのフォルダ構造が変わるため、上書きコピーでは設定が引き継がれません。アプリフォルダ内には設定ファイルは存在しないため、コピー時に注意いただいても残念ながら回避できない問題でした。
次バージョンでの対応
次バージョンより、バージョンアップ後の初回起動時に旧バージョンの設定を自動的に引き継ぐ処理を追加します。起動時の動作ログに「設定移行:XX件 引継ぎ完了」と表示されるようになります。
今回(Ver198→Ver199)で失われた設定の手動復元方法
エクスプローラーのオプションで「隠しファイルを表示する」を有効にする
以下のフォルダを開く
C:\Users\[ユーザー名]\AppData\Local\CS2_me\
フォルダが複数ある場合、更新日時が古いフォルダ内の user.config を、新しいフォルダ内の同名ファイルへ上書きコピーする
ご不便をおかけして申し訳ありません。